Förekomst av antibiotika och antibiotikaresistenta bakterier i miljön kan leda till uppkomst av nya resistenta bakteriestammar och öka spridningen av redan resistenta stammar. Detta sker bland annat vid utsläpp av antibiotika och då tarmbakterier sprids via avföring.

I många fall är bakterier de organismer i miljön som primärt behöver skyddas från exponering för antibiotika. Bakterier koloniserar bland annat miljöer som rörledningssystem, avloppsreningsverk och utlopp där koncentrationerna av antibiotika oftast är mångfalt högre än i floder, sjöar och hav.

För att minimera riskerna för effekter på organismer i miljön och resistensutveckling i miljön rekommenderas så restriktiv användning av antibiotika som möjligt utan att riskera patientens hälsa. Korrekt diagnostik för att kunna välja antibiotikum som har god effekt med så smalt spektrum som möjligt är av stor vikt. Korrekt hantering av oanvända antibiotika, det vill säga återlämnande till apotek, är också en viktig åtgärd som bidrar till att minska riskerna för miljöpåverkan.